天顺元年正月二十二日，于谦被押赴崇文门外斩决。行刑当日，京城阴云密布，百姓夹道而泣，有老妪携酒浆置于道旁，以祭忠魂。监刑官虽奉旨严查，然“天下冤之”之声不绝于耳。于谦死后，其家被抄没，然查抄者惊异于“家无余赀，惟正屋锁鐍甚固”，启视之，乃景帝所赐蟒袍、剑器及玺书数卷而已。此情此景，令奉命抄家的锦衣卫指挥亦为之动容，默然叹息。于谦遗骸由亲属收殓，暂厝于西直门外，无人敢大张旗鼓治丧。

于谦之死，直接牵动朝局。其政敌石亨、徐有贞、曹吉祥等虽一时得势，然人心不服。天顺二年，石亨因骄横跋扈渐失帝宠，其侄石彪亦因罪下狱，石亨本人于天顺三年下狱瘐死。徐有贞则因与曹吉祥内讧，被贬金齿为民。曹吉祥更于天顺五年举兵谋反，事败被磔于市。三人皆不得善终，时人暗谓“报应昭昭”。而于谦生前所荐之文武官员，如范广、罗通等，亦多遭排挤或牵连，范广更被诬以同党处死，其妻孥没为官奴。然于谦旧部及门生故吏，虽处逆境，仍暗中护持其家属，使其血脉得以存续。

景泰帝朱祁钰被废后，于天顺元年二月幽死，葬以王礼。然于谦之冤，始终如刺在喉。至成化元年，宪宗朱见深即位，时年方十七。有言官上疏为于谦讼冤，称其“当国家多难之秋，毅然以社稷为念，虽古之忠烈，何以加兹”。宪宗初尚犹豫，然内廷太监中亦有曾亲历北京保卫战者，密陈于谦当日“扶危定倾”之功。成化二年，宪宗下诏为于谦平反，追复其官爵，遣官致祭，并命有司修葺其墓。诏书中有“卿以俊伟之器，经济之才，当国家之多难，保社稷以无虞”之语，虽为官方定调，然天下闻之，莫不感泣。

于谦之遗骸，此时已停厝近十年。其子于冕，本被发配龙门卫，平反后得赦还，扶柩归杭州，葬于三台山麓。下葬之日，杭州士民自发相送，十里长街，素衣如雪。此后，于谦墓前香火不绝，民间以其与岳飞并称“西湖三杰”，虽非官定，然人心所向，自见高下。成化十一年，宪宗又赐于谦谥号“肃愍”，虽未尽美，然终属正名。至弘治二年，孝宗朱祐樘再赐改谥“忠肃”，并建旌功祠于其墓侧，春秋致祭。祠成之日，有老卒自京师远来，伏地大哭，自言曾为于谦帐下亲兵，当日北京城头，亲见公披甲登陴，指挥若定，今见祠宇巍然，如见故主。此事传为佳话，载于地方志乘。

于谦身后，其诗文亦渐为世重。其《石灰吟》中“粉骨碎身浑不怕，要留清白在人间”之句，本为少年言志，至此竟成谶语。士林传抄其《于忠肃集》，至万历间已有多种刻本。更有说书人将其事迹编为评话，虽多附会，然“于少保”之名，自此家喻户晓。万历十八年，浙江巡抚奏请于杭州建“于公祠”，得旨允准，与岳庙相望于湖山之间。崇祯末年，李自成入北京，有军士欲毁于谦北京旧居，其首领闻之，斥曰“此忠臣宅，毁之者不祥”，遂止。此事虽出野史，然可见其忠义之名，已深入民间，跨越朝代更迭而不衰。

清乾隆十六年，高宗南巡至杭州，亲谒于谦墓，御题“丹心抗节”匾额，并命地方官修葺祠宇。乾隆帝并赋诗一首，中有“赖有岳于双少保，人间始觉重西湖”之句，将岳飞与于谦并提，遂成定评。自此，于谦之忠，不仅为明室所重，亦为异代所钦。其墓前石坊上，至今镌刻着“热血千秋”四字，字迹斑驳，然风雨不磨。每当清明，杭州百姓犹自发前往祭扫，供果鲜花，堆满阶前。历史之公正，虽迟至数十年乃至数百年，然终不缺席；而人心之向背，则从未因权力更迭而有丝毫游移。